当事務所では最近、労働基準監督署の調査についての相談が増えています。多くは、顧問先に調査の実施を知らせる書面が届いたというものです。表題は監督署によって異なり、「労働時間等に関する調査の実施について」「労働条件に関する調査の実施について」などがあります。書面には、調査の日時と持参する書類が書かれています。

監督署の調査には、監督署が計画に基づいて対象を選んで行う定期監督（以下、定期調査）と、労働者からの申告をきっかけに行われる申告監督があります。この記事では、相談の多い定期調査について、当事務所が立ち会ってきた経験をもとに書きます。

定期調査は監督署に出向く形が中心ですが、事業所で行われることもあります。事業所での調査では、書類だけでなく、36協定が掲示などで周知されているか、勤怠の打刻をどのように行っているかといった運用まで、その場で細かく確認されます。

また、書面で事前に知らせが来るとは限りません。当事務所の経験では、安全衛生に関する調査では予告のない訪問も珍しくありませんが、労働条件や労働時間の調査で予告なく訪れるのは珍しいことです。それでも最近、東京都内の顧問先の事業所に、労働基準監督官が予告なく訪れたことがありました。このときは責任者が不在だったため調査は後日になりましたが、後日の調査も事業所で行うよう求められました。

後日に延びたとしても、事業所での調査になれば、運用まで見られることに変わりはありません。結局、問われるのはふだんの書類と運用がどこまで整っているかです。

書面で指定される書類は、当事務所が見てきた範囲では、おおむね次のとおりです。
・調査票
・労働条件通知書
・就業規則
・タイムカードなど労働時間の記録
・36協定
・変形労働時間制の場合は、労使協定や勤務割表
・賃金台帳
・年次有給休暇管理簿
・衛生委員会などでの調査審議の状況が分かる書類
・医師による面接指導の制度と実施状況が分かる書類
・健康診断個人票
・ストレスチェックの実施状況が分かる書類

このうち衛生委員会とストレスチェックは、常時50人以上の事業場で義務になっているものです（後半で説明します）。ほかの書類の多くは人数にかかわらず関係するため、50人未満の会社でも一通り確認しておく必要があります。

定期調査で主に確認されるのは、長時間労働の有無と特別条項の扱い、医師による面接指導、そして未払い賃金です。このうち長時間労働の指導は、2026年9月から運用が変わりました。

これまでは、特別条項付きの36協定を結び、その範囲内で働いていても、時間外労働が月45時間を超えた時点で削減の指導が出ていました。厚生労働省は2026年8月19日に見直しを発表し、9月1日から、時間数だけを見て月45時間以内への削減を一律に求める指導をやめ、36協定で定めた健康・福祉確保措置の実施状況を重点的に確認して、状況に応じて指導することになりました。過重労働で健康障害が生じるおそれが高い場合は、引き続き指導の対象です。

法律上の上限は変わっていません。月45時間・年360時間の原則も、特別条項を使う場合の年720時間以内も、特別条項の有無にかかわらず適用される時間外・休日労働の単月100時間未満・2〜6か月平均80時間以内も、これまでどおりです。

見直しで重みが増すのは、特別条項に書いた内容を、そのとおりに運用しているかどうかです。36協定では、限度時間を超えて働かせる人への健康・福祉確保措置を、医師による面接指導や勤務間インターバルなどから選んで記載します。その実施状況は記録して保存することが法令で決められているため、選んだだけで記録がなければ、時間数の指摘に代わってそこが問われやすくなると考えられます。

特別条項を使うときの手続も同じです。手続を「労使の協議を経て」と定めていると、調査では協議したことが分かる書類の提出を求められます。実際の運用が労働者代表への通知であれば、協定の書き方を運用に合わせておく方が、説明に困りません。

また、月45時間を超えてよいのは年6回までです。特別条項を定めていれば6回を超えても45時間を超えてよいと考えている方は、ご相談をお受けする中で今もいらっしゃいます。7回目に45時間を超えれば、その月の時間数にかかわらず法違反になります。

医師による面接指導は、時間外・休日労働が月80時間を超え、疲労の蓄積が認められる人から申出があったときに行うものです。会社には、80時間を超えた人に本人の時間を知らせることも求められています。

当事務所が立ち会った調査では、この点は「申出がなかった」で終わることが多く、細かく確認されない印象です。ただ、申出がないのは、本人が制度を知らないからということもあります。

面接指導は、働いている本人が自分の状態に気づき、医師に相談できる機会を確保するための仕組みです。時間を知らせるときに、申出の方法も伝えておくとよいでしょう。

労働時間の管理は、厚生労働省の「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」が出てから、調査で特に厳しく見られていると感じます。エクセルのタイムカードに本人が入力している場合や、勤怠システムを入れていない場合は、記録された時間が実態と合っているかを細かく確認されます。

ガイドラインでは、始業・終業の時刻は、原則として使用者が直接確認するか、タイムカードやパソコンの使用時間の記録などの客観的な記録で確認することとされています。自己申告で管理する場合は、申告された時間と実態が合っているかを必要に応じて調べることなども求められています。

労働時間は、原則として1分単位で把握します。出勤時の打刻を15分単位で丸めて、実際に働いた時間を切り捨てるような扱いは認められません。一方で、打刻した時刻と業務を始めた時刻が違う場合に、その間は働いていないことを確認していれば、その時間を労働時間に含めない扱いはできます。

勤怠システムを入れていても、設定しだいで集計が実態とずれることがあるため、勤怠システム設定で見落としやすいポイントもあわせてご覧ください。

未払い賃金が見つかると、対応は大がかりになります。当事務所が対応した中には、タイムカードを集計した時間と給与計算に使った残業時間が合っておらず、集計のし直しから始めたものがありました。調査の連絡が来てから、あるいは調査を受けた後に初めてご相談いただいた会社や、給与計算をお受けしていない顧問先での例です。

ほかにも、食事手当や、全員に一律の額で払っている住宅手当を残業代の単価の計算から外していた例や、アルバイトに残業代を払っていなかった例があります。特に抜けやすいのが週40時間を超えた分で、1日8時間以内に収まっていても、週の合計が40時間を超えれば割増賃金が必要です（変形労働時間制や、週44時間の特例が適用される事業場は扱いが異なります）。

残業代の単価から外せる手当は、家族手当・通勤手当・住宅手当など法令で決められたものだけです。住宅手当でも、家賃などに関係なく一律に払っているものは外せません。手当の名前ではなく、払い方の中身で判断されます。

未払いが見つかると、さかのぼって精算するよう求められます。当事務所の経験では、定期調査で求められる期間は3か月から6か月程度が多いです。

ただし、これは調査での扱いです。社員が未払いの賃金を請求できる期間は、法律上は過去3年分です（本則は5年で、当分の間は3年）。

社員にとっては本来受け取るべきだった賃金なので、精算すること自体は避けられません。そのうえで、計算の範囲や社内への説明の仕方は、慎重に決める必要があります。

「うちは特に問題はないはず」という会社でも、調査で指摘を受けることがあります。抜けやすいのが、健康診断個人票の医師の意見欄です。

健康診断で異常の所見があった人については、医師から就業上の措置についての意見を聴き、個人票に記載する必要があります。健診機関から結果が届いた時点で終わったと思いがちですが、意見を聴くのは会社の仕事です。残業を控えるべきかなど、本人の働き方を決めるための手続でもあります。

常時10人以上50人未満の事業場では、衛生推進者（業種によっては安全衛生推進者）を選任する必要があります。選任しても監督署への届出はないため、選んだかどうか自体が忘れられやすい義務です。

実務で指摘されることは多くありませんが、ほかに何も指摘がないと思っていたら、衛生推進者の未選任を指摘されたこともあります。選任したら、氏名を社内に周知しておくことも必要です。

年次有給休暇を与えた社員については、基準日、取得した日付、日数を記録した年次有給休暇管理簿を作り、保存する必要があります。勤怠システムで管理していればすぐに出せますが、独自の方法で管理していると、取得した日をタイムカードからたどるしかなかったり、基準日が決まっていなかったりして、調査で管理簿の作成を求められることがあります。

調査の場で、その年に消化した日数だけをまとめた一覧が出てくることもありますが、管理簿には基準日の記載も必要です。年10日以上与える社員には、基準日から1年以内に5日を取得させる義務があり、基準日が抜けていると、この義務を果たしているかどうかも判断できません。

基準日を全員一斉にそろえていても、就業規則にその定めがなければ、根拠を問われます。休暇は就業規則に必ず書く事項で、一斉にそろえるなら、入社後の最初の付与が法律の基準より遅れない形で定めておく必要があります。

もう一つの盲点が、36協定で決めた1日の延長時間です。月や年の時間には気を配っていても、1日の延長時間を4時間など短く決めていると、繁忙期の1日だけで超えてしまうことがあります。

月の合計が少なくても、1日でも協定の時間を超えれば法違反です。長く決めればよいということではなく、実際の働き方に合った時間を協定し、その時間を勤怠の記録で確認できるようにしておく必要があります。

人数によって変わる労働安全衛生法の義務は、会社全体ではなく事業場ごとの人数で判断します。常時10人以上で必要になる就業規則の作成・届出も同じです。事業場は、本社・支店・工場など、原則として場所ごとの単位です。

たとえば会社全体で80人でも、本社40人・支店40人なら、どちらも50人未満の事業場です（説明用の数字です）。反対に、拠点が一つの会社は、会社全体の人数がそのまま事業場の人数になります。人数にはパート・アルバイトも含まれ、週1回の出勤でも継続して雇っていれば数えます。

常時50人以上になると、衛生管理者（免許試験に合格した人などから選ぶ）と産業医の選任、毎月の衛生委員会の開催、年1回のストレスチェックが必要になります。業種によっては安全管理者も必要です。衛生管理者は社内の誰かがすぐ務められるものではないため、50人に近づいてから準備を始めると間に合わないことがあります。

本来、社員の健康管理は人数にかかわらず必要なものです。ストレスチェックも、令和10年4月1日からは50人未満の事業場でも義務になります。50人を境に急に始めるより、今のうちから少しずつ仕組みを作っておく方が、負担を分けられます。

調査といっても、一方的に調べられるというより、監督官が会社から実態を直接聞き、書類を確認しながら労務管理の注意点を説明していく場という面もあります。当事務所が立ち会ってきた調査では、会社の概要を聞かれた後、長時間労働や未払い賃金がないかを中心に書類を確認する流れでした。

当事務所では、顧問先の調査に、書類の準備から当日の立会い、調査後の対応まで関わっています。立会いでは、変形労働時間制や賃金の仕組みなど、会社の制度について説明する役割が中心です。

調査で法違反が見つかると是正勧告書が、法違反ではないものの改善が望ましい点があると指導票が交付されます。いずれも、指定された期日までに、どう改善したかを是正報告書で報告します。

未払い賃金があれば再計算して支払い、支払ったことが分かる書類を添えて報告します。長時間労働や書類の整備が不十分だった場合は、改善の内容や計画をまとめて報告する形になります。当事務所の仕事は、この是正報告書の作成が中心です。

是正勧告は行政指導で、それ自体に強制力はありません。書類送検まで進むのは、是正に応じない場合や悪質な場合などで、当事務所の経験では、指摘を受けても改善して報告すれば、それで終わるのが通常です。ただし、是正報告をしなかったり、報告の内容と実態が違ったりすれば、再度の調査につながることがあります。

定期調査で見られる点の多くは、ふだんの書類の整え方で決まります。予告なく訪問されることもあるため、書面が届いてから慌てて準備するより、日頃から確認しておく方が確実です。

労務管理全般の継続的なご相談は労務顧問、調査への対応や36協定の見直しなど単発のご相談はスポット支援業務でお受けしています。書面が届いた段階でも、お問い合わせからご相談ください。

※本記事は2026年11月時点の法令と行政の取扱いをもとにしています。